ふるさと納税の控除を受けるために確定申告が必要な場合、e-Taxを使えば税務署に行かずにオンラインで手続きを完結させることができます。自宅にいながらパソコンやスマホで確定申告書を作成・送信できるため、忙しい方にとって非常に便利な方法です。
e-Taxを使ったふるさと納税の確定申告は、寄付金受領証明書の情報を入力するだけで寄付金控除の計算が自動的に行われます。手書きの申告書で計算ミスが心配な方も、e-Taxなら安心して手続きを進められます。
この記事では、e-Taxを使ってふるさと納税の確定申告を行う方法を、事前準備から申告書の送信まで、手順を追ってわかりやすく解説します。確定申告が初めての方でも迷わず進められるように、つまずきやすいポイントも合わせてお伝えします。
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e-Taxで確定申告が必要なケース
ふるさと納税の控除を受ける方法は、ワンストップ特例申請と確定申告の2つがあります。以下に該当する方は確定申告が必要です。
- 寄付先の自治体が6つ以上ある方
- 医療費控除や住宅ローン控除(初年度)など他の控除で確定申告が必要な方
- 個人事業主やフリーランスの方
- ワンストップ特例申請の期限(翌年1月10日)に間に合わなかった方
- 給与所得以外の所得がある方
上記に当てはまらない給与所得者で寄付先が5自治体以内の方は、ワンストップ特例申請の方が手軽です。ただし、確定申告をする場合はワンストップ特例申請が無効になるため、すべての寄付を確定申告に含める必要があります。

e-Taxの事前準備
必要なもの一覧
e-Taxで確定申告を行うために、以下のものを準備しましょう。
- マイナンバーカード(署名用電子証明書が有効なもの)
- マイナンバーカード対応のスマホまたはICカードリーダー
- 寄付金受領証明書(各自治体から届いたもの)
- 源泉徴収票(給与所得者の場合)
- 還付金の振込先口座情報
マイナポータル連携で入力を省略する
マイナポータルとe-Taxを連携させると、ふるさと納税の寄付情報を自動的に取得できる場合があります。対応しているポータルサイトで寄付した分は、手入力の必要がなくなるため非常に便利です。
マイナポータル連携を利用するには、事前にマイナポータルアプリで「つながり設定」を行っておく必要があります。連携設定は数分で完了しますので、確定申告の時期が来る前に済ませておくとスムーズです。
e-Taxでの確定申告手順
手順1:確定申告書等作成コーナーにアクセス
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にアクセスします。スマホの場合は「スマホ版」、パソコンの場合は「パソコン版」を選択します。画面の指示に従って、「作成開始」をタップします。
手順2:マイナンバーカードで認証
「マイナンバーカード方式(2次元バーコード)」を選択し、スマホでマイナンバーカードを読み取って本人認証を行います。初めてe-Taxを利用する場合は、利用者情報の登録画面が表示されるので、住所・氏名などの基本情報を入力します。
手順3:収入・所得の入力
給与所得者の場合は、源泉徴収票の情報を入力します。マイナポータル連携を設定していれば、自動的に情報が反映される場合もあります。手入力の場合は、源泉徴収票を見ながら該当する欄に金額を入力していきます。
手順4:寄付金控除の入力
「所得控除」の入力画面で「寄付金控除」を選択します。ここがふるさと納税の核心部分です。
- 「寄付金控除を入力する」をタップ
- 寄付先の情報を入力(自治体名、寄付日、寄付額)
- 寄付の種類は「都道府県、市区町村に対する寄附金(ふるさと納税)」を選択
- 複数の自治体に寄付した場合は、1件ずつ入力を繰り返す
寄付金受領証明書に記載されている金額と寄付日を正確に入力することが重要です。入力が完了すると、所得税からの控除額が自動計算されます。

手順5:還付金の振込先を入力
所得税の還付がある場合は、振込先の口座情報を入力します。銀行名、支店名、口座番号、口座名義を正確に入力してください。入力した名義と申告者の名前が一致していないと還付を受けられない場合があります。
手順6:申告書の確認と送信
入力が完了すると、申告書の内容を確認する画面が表示されます。寄付金控除の金額や還付金額が正しいかを確認し、問題なければマイナンバーカードで電子署名を行って送信します。
送信が完了すると、受付番号が表示されます。この番号は控えておきましょう。送信後に申告内容のPDFをダウンロードして保存しておくと安心です。
e-Taxでつまずきやすいポイントと対処法
マイナポータル連携がうまくいかない
マイナポータル連携で寄付情報が取得できない場合は、ポータルサイト側の設定が完了していない可能性があります。各ポータルサイトのマイページで「寄付金控除に関する証明書」の発行設定を確認してください。
寄付先が多くて入力が大変
多くの自治体に寄付した場合、1件ずつ入力するのは手間がかかります。この場合は「寄付金控除に関する証明書(XMLデータ)」を利用しましょう。ポータルサイトからダウンロードしたXMLデータを読み込ませれば、一括で入力が完了します。
途中で入力を中断したい
確定申告書等作成コーナーには「入力データを保存する」機能があります。途中まで入力した内容をファイルとして保存し、後日続きから再開することが可能です。一度に全部入力する必要はありません。
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e-Tax送信後の流れ
還付金はいつ届く?
e-Taxで確定申告を行った場合、還付金は申告から約2〜3週間で指定口座に振り込まれます。書面での申告よりも処理が早いのがe-Taxのメリットです。還付の処理状況はe-Taxの「メッセージボックス」から確認できます。
住民税の控除はいつから?
ふるさと納税の控除のうち、住民税分は翌年6月からの住民税で反映されます。これはe-Taxでも書面でも同じタイミングです。6月頃に届く住民税決定通知書で、寄付金税額控除の金額を確認しましょう。

申告内容に誤りがあった場合
送信後に誤りに気づいた場合は、確定申告の期限内であれば「訂正申告」を行うことができます。確定申告書等作成コーナーで再度申告書を作成し、正しい内容で送信し直せば、後から送った申告書が有効になります。
期限後に誤りに気づいた場合は、「更正の請求」という手続きが必要です。更正の請求は法定申告期限から5年以内であれば行うことができます。
まとめ:e-Taxなら自宅で確定申告が完結する
- e-Taxならパソコン・スマホから確定申告が自宅で完結
- マイナンバーカードとスマホがあれば本人認証もオンラインで可能
- マイナポータル連携で寄付情報の自動取得が便利
- XMLデータ読み込みで多数の寄付先も一括入力
- 還付金は約2〜3週間で振り込まれる
e-Taxでの確定申告は、一度やり方を覚えてしまえば毎年スムーズに手続きできるようになります。確定申告書等作成コーナーは国税庁の公式サイトからアクセスできます。e-Taxの詳しい使い方はe-Tax公式サイト、ふるさと納税の控除の仕組みについては総務省のふるさと納税ポータルサイトを参考にしてください。
※最新の情報は各公式サイトでご確認ください。
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